一、基因表達(dá)量差異研究
數(shù)字PCR儀檢測(cè)時(shí)不依賴傳統(tǒng)的Ct值即可實(shí)現(xiàn)真正意義上的絕對(duì)定量，從而提供了比實(shí)時(shí)熒光定量PCR更精確的基因差異表達(dá)研究，尤其對(duì)于那些靶基因表達(dá)差異微小的情況，如microRNA的表達(dá)分析，等位基因的不平衡表達(dá)，單細(xì)胞基因表達(dá)分析等等。 二、表觀遺傳學(xué)及基因組學(xué)的研究
1.拷貝數(shù)變異（CNV）研究：微滴化的樣品處理及檢測(cè)，這種繞過Ct值的計(jì)算方法而直接獲取目標(biāo)基因的絕對(duì)拷貝數(shù)，為拷貝數(shù)變異的研究提供了絕對(duì)的檢測(cè)精度。是其他諸如二代測(cè)序、芯片雜交等平臺(tái)無法達(dá)到的。
2.甲基化含量鑒定：作為表觀遺傳學(xué)研究中重要的一個(gè)研究方向--甲基化程度分析，現(xiàn)階段有不同的方法或技術(shù)來進(jìn)行研究：如傳統(tǒng)的亞硫酸氫鹽處理后的克隆測(cè)序統(tǒng)計(jì)法、抗體檢測(cè)法、定量PCR檢測(cè)法等。這些方法皆因方法學(xué)的問題而不能獲得精確的定量，而數(shù)字PCR儀通過對(duì)樣品的微滴化處理及目標(biāo)因子的絕對(duì)拷貝數(shù)定量，為甲基化程度的精確定量檢測(cè)提供了一種全新的技術(shù)。
3.低豐度及稀有序列的精確定量：目前對(duì)于低豐度目標(biāo)序列的檢測(cè)，定量PCR、雜交等方法都因受到背景DNA的干擾，使得檢測(cè)靈敏度及精確性都達(dá)不到精細(xì)定量的要求（如定量PCR檢測(cè)中Ct值大于33的情況下，其重復(fù)性就不是很高），而微滴式數(shù)字PCR系統(tǒng)通過核心的微滴化處理，使得稀有的核酸序列從大量的背景DNA中分離出來，從而提高了檢測(cè)的靈敏度及精確性。具體應(yīng)用如在體液（血液、尿液、糞便等）中對(duì)腫瘤核酸標(biāo)記物的檢測(cè)。
三、醫(yī)學(xué)檢測(cè)中的優(yōu)勢(shì)
1.無創(chuàng)傷的產(chǎn)前診斷技術(shù)：無創(chuàng)傷的產(chǎn)前診斷,如21染色體為3倍體的唐氏綜合征(現(xiàn)有人使用二代測(cè)序進(jìn)行深度測(cè)序)、已知父母基因型的胎兒地貧檢測(cè)或已知父母基因型的其它核酸病檢測(cè)（跟孟德爾遺傳規(guī)律相關(guān)遺傳）。因?yàn)闃?biāo)本來源于目前的血液，而待檢測(cè)的胎兒DNA受到母體DNA的干擾，影響了檢測(cè)的準(zhǔn)確性。而QX200檢測(cè)系統(tǒng)*的微滴化技術(shù)可以代替剛剛興起的二代測(cè)序法來進(jìn)行的無創(chuàng)傷產(chǎn)前診斷，從而提高工作效率及節(jié)約成本。
2.數(shù)字PCR儀個(gè)性化基因治療的應(yīng)用：我們常用的檢測(cè)標(biāo)本常常是如血液、糞便、尿液等體液來源，對(duì)于這些標(biāo)本中的DNA，其有兩種來源途徑：正常脫落體細(xì)胞的DNA和病變脫落細(xì)胞的DNA，而正常脫落體細(xì)胞的DNA量是遠(yuǎn)大于病變組織脫落細(xì)胞的DNA量的，為此通過微滴化處理就能在每個(gè)微滴中有效的減少體細(xì)胞DNA的干擾，實(shí)現(xiàn)腫瘤標(biāo)記物的有效檢測(cè)，可應(yīng)用于個(gè)性化基因治療(如肺癌等相關(guān)的EGFR、KARS、BRAF基因的SNP突變檢測(cè)從而來指導(dǎo)用藥方案的選擇與調(diào)整)
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